อัลวิน (พากย์เสียงโดย จัสติน ลอง) ไซม่อน (พากย์เสียงโดย แมทธิว เกรย์ กูเบลอร์) และธีโอดอร์ (พากย์เสียงโดย เจสซี่ แม็คคาร์ทนีย์) ยังคงกลับมาพร้อมความน่ารัก น่าหยิกเหมือนเดิม จากที่พวกเขาทั้ง 3 ประสบความสำเร็จในการตั้งวงดนตรี และกลายเป็นร็อคสตาร์ไปแล้ว ในงานโชว์การกุศลครั้งหนึ่งเกิดเรื่องไม่คาดฝัน ทำให้ เดฟ (เจสัน ลี) ประสบอุบัติเหตุ จนต้องรักษาตัวในโรงพยาบาล เดฟตัดสินใจส่งชิพมังค์ทั้ง 3 ตัวเข้าโรงเรียน และขอให้ ป้าแจ็คกี้มาช่วยดูแลชิพมังค์ทั้งสามตัว แต่สุดท้ายภาระการดูแลเหล่าชิพมังค์ก็ตกไปอยู่กับ โทบี้ (แซ็คคารี่ ลีวาย) หลานชายจอมป่วนของป้าแจ็คกี้โดยปริยาย
และที่โรงเรียนนี้เองที่ทำให้พวกหนุ่มๆได้เจอกับชิพมังค์สาวพราวเสน่ห์ เดอะ ชิพเพ็ทส์ ได้แก่ บริททานีย์ (พากย์เสียงโดย คริสติน่า แอพเพิลเกท) เอลีนอร์ (เอมี่ โพห์เลอร์) และเจนเน็ตส์ (แอนนา ฟาริส) พวกเธอมีความสามารถไม่น้อยกว่าหนุ่ม ๆ ทั้งสามตัว แต่ เดอะ ชิพเพ็ทส์ โดน เอียน ฮอว์ค (เดวิด ครอส) ผู้จัดการจอมแสบ หลอกใช้เป็นเครื่องมือเพื่อเอาไปสู้กับชิพมังค์หนุ่ม ๆ เมื่อสามสาวถูกหลอกให้ดวลแดนซ์กับสามหนุ่ม ความมันส์สุดน่ารักก็เกิดขึ้น ร่วมลุ้น ร่วมเป็นกำลังใจว่าพวกเขาและเธอใครจะแน่กว่ากัน และท้ายสุดจะสามารถปรับความเข้าใจกันได้หรือไม่
