แฮร์รี่ พอตเตอร์ ภาค 2 (แดเนียล แรดคลิฟฟ์) มีวันปิดภาคฤดูร้อนที่ไม่สนุกนัก เขาไม่เพียงแต่ต้องทนอยู่กับป้าเพ็ตทูเนียจอมเผด็จการ (ฟีโอน่า ชอว์) และ ลุงเวอร์นอน เดอร์สลีย์ (ริชาร์ด กริฟฟิธส์) ที่หวาดกลัวต่อเวทมนตร์วิเศษของเขา แต่ดูราวกับว่าเพื่อนสนิททั้งสอง รอน วีสลีย์ (รูเพิร์ต กรินท์) และเฮอร์ไมโอนี่ เกรนเจอร์ (เอ็มม่า ว็อตสัน) พากันลืมเขาเสียสนิทอีกทั้งยังไม่เคยตอบจดหมายเขาแม้แต่ฉบับเดียว และแล้วจู่ๆ ก็มีด๊อบบี้ เอลฟ์ประจำบ้านมาปรากฎกายอย่างลึกลับในห้องนอนของแฮร์รี่ เพื่อเตือนเขาถึงอันตรายครั้งใหญ่ที่จะเกิดขึ้น หากว่าแฮร์รี่จะพยายามกลับไปที่โรงเรียนพ่อมดแม่มดและเวทมนตร์ศาสตร์ฮอกวอตส์
ด๊อบบี้เต็มใจอย่างยิ่งที่จะปกป้องมิให้หนุ่มน้อยกริฟฟินดอร์ได้กลับไปยังฮอกวอตส์ โดยเขาได้กักเก็บจดหมายทุกฉบับที่ทั้งรอนและเฮอร์ไมโอนี่ได้เขียนมาหาแฮร์รี่ แต่ตรงข้ามกับความพยายามอันแสนเจ้าเล่ห์ของเอลฟ์ แฮร์รี่ผู้มุ่งมั่นได้รับความช่วยเหลือให้พ้นจากวิกฤติการณ์อันหดหู่ของครอบครัวเดอร์สลีย์ จากฝีมือของรอนเละพี่ๆ ของเขาด้วยการใช้รถเหาะ!ทั้งหมดได้พาเขาไปพักพิงอยู่ในบ้านอันแสนอบอุ่นของครอบครัววีสลีย์
เมื่อแฮร์รี่และรอนได้ถูกปิดกั้นอย่างน่าสงสัย มิให้เข้าไปในชานชลา 9 ¾ เพื่อขึ้นรถด่วนฮอกวอตส์กลับไปโรงเรียน ทั้งคู่จำต้องใช้มาตรการฉุกเฉินเพื่อมิให้พลาดการเข้าเรียนในปีการศึกษาใหม่ แต่กลับต้องเผชิญกับความโกรธเกรี้ยวของศาสตราจารย์สเนป (อลัน ริคแมน) ผู้ขอให้ทั้งคู่ถูกไล่ออกหลังจากทำให้รถฟอร์ด แองเกลีย พุ่งเข้าชนต้นวิลโล่ว์จอมหวดอันมีค่าของฮอกวอตส์
ในขณะเดียวกัน ข่าวการเป็นวีรบุรุษของแฮร์รี่เมื่อครั้งอยู่ปีหนึ่งก็ดังกระฉ่อนไปทั่วโรงเรียน เขาจึงกลายเป็นศูนย์กลางของความสนใจที่ไม่พึงปรารถนา ในบรรดาผู้ชื่นชมแฮร์รี่ ได้แก่ น้องสาวคนเล็กของรอน จินนี่ วีสลีย์ (บอนนี่ ไรท์); นักเรียนปีหนึ่งอนาคตช่างภาพ คอลิน ครีฟวีย์ (ฮิว มิทเชล)และที่น่ารำคาญที่สุด อาจารย์สอนวิชาป้องกันตัวจากศาสตร์มืดคนใหม่ ศาสตราจารย์ กิลเดอรอย ล็อกฮาร์ต (เคนเน็ธ บรานัค)
โด่งดังจากความไร้สาระของตนเอง ล็อกฮาร์ตปรารถนาซึ่งความเป็นจุดสนใจ ในขณะที่แฮร์รี่หลีกหนีจากมัน และเขายิ่งกว่าเต็มใจที่จะเป็นคู่หูของวีรบุรุษน้อยแห่งฮอกวอตส์ ทว่าแม้แต่ล็อกฮาร์ตเองก็หาคำอธิบายได้ไม่ ต่อความน่าสพรึงกลัวอันร้ายกาจอย่างใหม่ที่กำลังเข้ายึดครองโรงเรียน
ทุกสายตาจับจ้องมาที่แฮร์รี่ และบรรดาเพื่อนๆ ก็เริ่มตั้งข้อสงสัยในตัวเขา ทุกๆ คน เว้นแต่ รอน, เฮอร์ไมโอนี่ และจินนี่น้อย ซึ่งถูกเบนความสนใจไปยังสมุดบันทึกลึกลับเล่มใหม่ของเธอ
แต่แฮร์รี่ไม่อาจทำให้เพื่อนๆ ผิดหวังในตัวเขา แม้ว่าจะมีความช่วยเหลือของกิลเดอรอย ล็อกฮาร์ต หรือไม่ก็ตาม เขาจะต้องเผชิญหน้ากับพลังมืดที่ซุ่มซ่อนอยู่ในโรงเรียนอันเป็นที่รักของเขา
