X-Men ภาค 2 พวกเขาเป็นตัวเชื่อม ของลูกโซ่แห่งวิวัฒนาการ แต่ละคนเกิดมาพร้อมกับยีนกลายพันธุ์เฉพาะตัว และเมื่อถึงวัยแตกหนุ่มสาว พลังพิเศษของพวกเขา ก็จะปรากฎอย่างชัดเจน ในโลกซึ่งเต็มไปด้วยความเกลียดชัง และอคติ ซึ่งทวีความรุนแรงขึ้นทุกที พวกเขาเป็นความแปลกประหลาดทางวิทยาศาสตร์… สิ่งผิดปกติจากธรรมชาติ… ผู้ถูกขับออกจากสังคม และเป็นที่หวาดกลัว และรังเกียจของผู้อื่น ที่ไม่สามารถยอมรับความแตกต่างของพวกเขา ถึงแม้ว่าจะถูกทอดทิ้งจากสังคมส่วนใหญ่ บรรดา X-Men และมนุษย์กลายพันธุ์นับพัน ก็ยังสามารถยืนหยัดอยู่ได้ทั่วโลก
ภายใต้ความดูแลของ ศาสตราจารย์ ชาร์ลส์ ซาเวียร์ ผู้มีพลังโทรจิตเข้มแข็งที่สุดของโลก บรรดานักเรียนที่มีพรสวรรค์ได้เรียนรู้ถึงการควบคุม และใช้พลังของแต่ละคน เพื่อสร้างสรรค์ในทางดี ให้กับมนุษยชาติ พวกเขาต่อสู้เพื่อปกป้องโลก ของผู้ที่ทำให้ตนเองหวาดกลัว…
เมื่อ X-Men สองรุ่น ได้ผนึกพลังกับพันธมิตร ที่ไม่น่าจะเป็นไปได้ เพื่อต่อสู้กับผู้คุกคามคนใหม่ที่เป็นมนุษย์ เมื่อพวกกลายพันธุ์ยังคงต่อสู้ดิ้นรน ในสังคมที่หวาดกลัว และไม่เชื่อใจพวกเขา เรื่องราวน่าวิตกยิ่งขึ้น เมื่อมีการพยายามลอบสังหารที่ไม่น่าเชื่อ ซึ่งเกิดขึ้นกับประธานาธิบดีแห่งสหรัฐอเมริกา โดยผู้โจมตีที่ไม่อาจระบุตัว แต่มีพลังเหนือธรรมดา หลักฐานทุกอย่างบ่งชี้ว่า เป็นฝีมือพวกกลายพันธุ์
การทำร้ายที่น่าตกใจนี้ ก่อให้เกิดการคัดค้านอย่างรุนแรง ทั้งจากนักการเมืองและประชาชน เพื่อผลักดันกฎหมายจดทะเบียนมนุษย์กลายพันธุ์ และผู้นำการเคลื่อนไหว เพื่อต่อต้านผู้กลายพันธุ์ คือ วิลเลี่ยม สไตรค์เกอร์ เศรษฐีผู้เป็นอดีตนายพลแห่งกองทัพบก และนักวิทยาศาสตร์ที่ถูกร่ำลือว่า เป็นผู้ทำการทดลองมนุษย์กลายพันธุ์
‘งาน’ กลายพันธุ์ของสไตรค์เกอร์นั้น เกี่ยวพันกับอดีตอันลึกลับและรางเลือนของวูลฟ์เวอรีน เมื่อวูลฟ์เวอรีนออกเสาะหาปริศนาแห่งต้นกำเนิดของตน สไตรค์เกอร์ก็เดินหน้าโปรแกรมต่อต้านมนุษย์กลายพันธุ์ของเขา เริ่มต้นด้วยการโจมตีอย่างเต็มรูปแบบ ที่คฤหาสน์ของซาเวียร์ และโรงเรียนสำหรับเด็กที่มีพรสวรรค์ ส่วนแม็กนีโต้ ซึ่งหนีออกมาสด ๆ ร้อน ๆ จากที่คุมขังพลาสติก ได้ขอร่วมเป็นคู่พันธมิตรกับ บรรดา X-Men เพื่อต่อสู้กับศัตรูคนเดียวกันที่น่าเกรงขาม สไตรค์เกอร์
การรวมพลังอีกครั้งของ X-Men ได้แก่ ศาสตราจารย์ซาเวียร์ ผู้มีพลังโทรจิตเข้มแข็งที่สุดของโลก, วูลฟ์เวอรีน, ทหารนักสู้ที่มีพลังเยียวยาบาดแผลอันน่าทึ่ง ผู้มีกรงเล็บเหล็กยืดหดได้โดยไม่แตกหัก กับความโกรธรุนแรงเหมือนสัตว์ร้าย, แม็กนีโต้ มนุษย์กลายพันธุ์ผู้ทรงพลัง ซึ่งสามารถบังคับ และทำให้โลหะเคลี่อนที่, สตอร์ม ผู้สามารถเปลี่ยนแปรอากาศได้, จีน เกรย์ ผู้มีโทรจิต และทำให้สิ่งของเคลื่อนที่ด้วยจิต, ไซคลอป ซึ่งดวงตาปล่อยแสงทรงพลัง ที่สามารถทะลวงภูเขาทะลุได้, โร้ก กับความสามารถดูดซับพลัง และความทรงจำจากทุกคน ที่เธอสัมผัสร่างกาย, มิสทีค ผู้สามารถเปลี่ยนแปลงรูปร่างให้เป็นใครก็ได้, บ๊อบบี้ เดร้ก / ไอซ์แมน เพื่อนร่วมชั้นของโร้ก ซึ่งสามารถลดอุณหภูมิในตัวเอง และปล่อยความเย็นจัดออกมา และ วุฒิสมาชิกเคลลี่ อดีตหัวหน้ากลุ่มเคลื่อนไหว ต่อต้านมนุษย์กลายพันธุ์
ชะตากรรมแห่งซาเวียร์ มนุษยชาติ และมนุษย์กลายพันธุ์ ล้วนตกอยู่ในมือพวกเขา X-Men และพันธมิตรจะยืนหยัดรวมพลัง เพื่อเผชิญหน้ากับภารกิจที่อันตรายที่สุดเท่าที่เคยมี
