เชอร์รี่ซึ่งทำงานให้กับองค์กรชุดดำ ได้เข้าไปในห้องทดลองและดูภาพตัวอย่างที่ใช้ในการทดลองผ่านทางคอมพิวเตอร์ เธอได้คุยกับอาเคมิ พี่สาวของเธอ ว่าให้มาหาและมีสิ่งที่น่าสนใจจะให้ดู เนื้อเรื่องสลับไปที่ผู้ชายคนหนึ่งเดินเข้าไปในบาร์ที่ชื่อว่า “แบล็กวิโดว์” และนั่งข้างวอดก้า ยินได้เดินเข้ามาและกล่าวว่าองค์กรกำลังมีปัญหากับหนู (สายลับ) และบอกว่าเครื่องดื่มที่พวกเขากำลังดื่มนั้นมีชื่อว่า “เอ็กซ์วายแซด” ซึ่งทำจากรัมและน้ำมะนาว และมีความหมายเป็นนัยว่า “มันจบแล้ว” ผู้ชายคนนั้นเมื่อได้ยินก็เดินออกจากร้านและพยายามจะขับรถหนี แต่รถก็ระเบิดเสียก่อน
รัน และ ชินอิจิ เห็น เก็นตะ, อายูมิ และ มิซึฮิโกะกำลังเล่นฟุตบอล รันถามชินอิจิว่าทำไมเขาถึงเลิกเล่นฟุตบอล ชินอิจิอธิบายว่าเขาเล่นฟุตบอลเพียงเพราะอยากผ่อนคลายจากการเป็นนักสืบและอยากเลียนแบบเชอร์ล็อก โฮมส์ ต่อมาทั้งสองคนโดน โซโนโกะ ลากไปที่บ้านของเธอ ทากาโนริ เซวะ ซึ่งเป็นแขก ได้รับจดหมายข่มขู่ก่อนงานเลี้ยงปีใหม่ ชินอิจิเสนอตัวจะช่วยเหลือให้ แต่เซวะได้ปฏิเสธเพราะบ้านของเขามีการ์ดเยอะอยู่แล้ว
ระหว่างที่รันไปแข่งขันคาราเต้ระดับเขต ชินอิจิถูกเรียกตัวให้ไปสืบคดีที่งานเลี้ยงของเซวะ ซึ่งมีคดีฆาตกรรมเกิดขึ้น ประธานยามาซากิของธนาคารยัตสึบิชิถูกแทงด้วยมีดที่อกจนเสียชีวิต กลุ่มตำรวจซึ่งนำโดยสารวัตรเมงูเระได้สืบสวนคดี และชินอิจิได้คลี่คลายคดีโดยเปิดเผยว่าเซวะซึ่งเป็นเจ้าของบ้านคือคนร้าย
ขณะที่ชินอิจิกับรันได้ไปเที่ยวทรอปิคอลแลนด์ ชินอิจิได้เห็นชายชุดดำที่น่าสนใจจึงปลีกตัวจากรันและได้สะกดรอยตามไป เขาเห็นการเจรจาที่น่าสงสัย แต่ก็ถูกยินตีศีรษะจากทางด้านหลัง ยินให้ชินอิจิกินยาที่อยู่ในระหว่างการทดลอง จนทำให้ชินอิจิตัวหดเล็กลง เมื่อชินอิจิรู้ตัว เขาได้รีบวิ่งกลับบ้านและได้ขอความช่วยเหลือจากดอกเตอร์อากาสะ ดอกเตอร์อากาสะเตือนว่าไม่ควรให้ใครรู้ตัวจริงของชินอิจิ แม้กระทั่งรันก็ตาม เพราะนั่นจะทำให้คนรอบข้างพลอยได้รับอันตรายไปด้วย ดอกเตอร์อากาสะแนะนำให้รันรับชินอิจิไปเลี้ยงดู โดยชินอิจิที่ตัวเล็กลงบอกชื่อแก่รันไปว่า เอโดงาวะ โคนัน เมื่อรันกับโคนันไปถึงบ้านของรัน โคโกโร่รีบวิ่งลงมาเพราะได้รับการจ้างวานให้ตามลูกสาวประธานบริษัทที่ถูกลักพาตัวโดย ชายชุดดำ” นั่นทำให้โคนันรีบตามไปด้วย หลังจากนั้น โคนันก็อาศัยอยู่บ้านเดียวกับโคโกโร่และรันมาโดยตลอด เพื่อตามสืบข่าวขององค์กรชุดดำ
ที่บ้านของชินอิจิ เชอร์รี่และพวกพ้องของเธอได้มาสำรวจร่องรอยชินอิจิผู้หายตัวไป เชอร์รี่ตระหนักได้ว่าชินอิจิคือบุคคลที่เธอสวนกันตอนที่นั่งรถ และยังพบว่าเสื้อผ้าสมัยเด็กของชินอิจินั้นหายไปหมดเลย ฉากตัดไปที่ถนนอันวุ่นวายในนครนิวยอร์ก เบลม็อทคุยอะไรบางอย่างกับยินในขณะที่ถูกไล่ล่าโดยโจดี้ สตาร์ลิงและอากาอิ ชูอิจิ ชูอิจิบอกว่าพวกมันกำลังจะไปที่ญี่ปุ่น ตัดภาพกลับมาที่ห้องทดลอง เชอร์รี่เปิดดูรายชื่อเหยื่อที่ได้รับยาของเธอ และค้นพบชื่อชินอิจิ เธอจึงแก้ไขสถานะของชินอิจิจากเดิม “ไม่ทราบสถานะ” ให้กลายเป็น “เสียชีวิต” พร้อมกับลงลายมือชื่อของว่า “SHERRY”
