ปี 1766 นครกราสซี่ ตอนใต้ของฝรั่งเศส ฝูงชนมารวมตัวกัน ณ จตุรัสกลางใจเมืองเพื่อฟังคำตัดสินชีวิตของ ฌ็อง-แบ็ปติสต์ เกรนูอีลเล่ (เบน วิสชอว์) คนทำน้ำหอม ฝูงชนเริ่มฮือฮาเมื่อเกรนูอีลเล่ที่โดนพันธนาการด้วยโซ่ตรวนถูกลากตัวขึ้นมายังระเบียงป้อม พวกเขาถึงกับลุกฮือเมื่อเกรนูอีลเล่ถูกตัดสินประหารชีวิต
22 ปีก่อนหน้านี้ กรุงปารีส
แม่ของเกรนูอีลเล่ (เบอร์จิต มินิชเมร์) ได้ให้กำเนิดลูกชายท่ามกลางกลิ่นคาวของตลาดกรุงปารีสในวันที่อากาศร้อนที่สุดของปีนั้น เธอพยายามเก็บซ่อนลูกผู้ไม่เป็นที่ต้องการผู้นี้เอาไว้ในถังใส่เครื่องในปลาใต้โต๊ะในแผงลอยขายของของเธอ แต่เจ้าหนูที่เพิ่งถือกำเนิดเหมือนแกล้งผู้เป็นแม่ ด้วยการส่งเสียงร้องดังลั่น และได้รับการช่วยเหลือจากคนที่เดินผ่านไปผ่านมาคนหนึ่ง แม่โดนเจ้าหน้าที่บ้านเมืองจับตัวและถูกแขวนคออันเนื่องมาจากพยายามฆ่าลูกของเธอเอง
เกรนูอีลเล่ใช้ชีวิตในช่วงขวบปีแรก ๆ ในบ้านเลี้ยงเด็กกำพร้าของมาดามเกลลาร์ด (เซียน โธมัส) เด็กกำพร้าคนอื่น ๆ รู้ดีว่าในตัวเด็กทารกน้อยคนนี้มีลักษณะแปลก ๆ และพยายามบีบคอเขาในวันที่เขามาถึง แต่มาดามเกลลาร์ดจะไม่มีวันยอมเสียเงินค่าเลี้ยงดูที่เธอจะได้จากการดูแลเด็กกำพร้าไป เธอจึงได้ช่วยเขาเอาไว้ ด้วยวัยเพียง 3 ขวบ ถึงแม้จะยังเดินไม่ได้ พูดไม่ได้ แต่เห็นได้ชัดว่าเจ้าหนูเกรนูอีลเล่มีความสามารถในการดมกลิ่นที่ถือว่าสุดมหัศจรรย์ เขาคลานไปทั่วพื้นบ้านเด็กกำพร้า พร้อมกับเรียนรู้ประสบการณ์ในโลกรอบ ๆ ตัวเขาผ่านพลังพิเศษในการดมของเขา
ทางรัฐจะเลิกให้เงินดูแลเด็กกับมาดามเกลลาร์ดเมื่อเด็กคนนั้นอายุครบ 13 ปี มาดามเกลลาร์ดจึงขายตัวเกรนูอีลเล่ให้กริมมอล (แซม ดักลาส) ซึ่งเป็นเจ้าของโรงฟอกหนังเป็นเงิน 10 ฟรังค์ การต้องทำงานในโรงฟอกหนังที่เต็มไปด้วยสารไนเตรทที่มีกลิ่นเหม็นและหนังสัตว์ที่กำลังเน่าเป็นงานที่เต็มไปด้วยอันตราย แต่เกรนูอีลเล่กลับเอาชีวิตรอดมาได้ในสภาพแวดล้อมที่เหมือนนรกแห่งนั้น และเติบโตจนกลายเป็นชายหนุ่มที่เปี่ยมไปด้วยพลังในตัว
ระหว่างเดินทางไปปารีสเป็นครั้งแรกในชีวิต สายลมได้พัดพาเอากลิ่นที่หอมรัญจวนใจที่สุดเท่าที่เกรนูอีลเล่เคยได้กลิ่นมา เขาติดตามกลิ่นนั้นไปตามถนนและตรอกซอกซอยท่ามกลางแสงจันทร์จนได้พบกับเจ้าของกลิ่น นั่นก็คือสาวขายลูกพลัมแสนสวย (แคโรลีน เฮอร์เฟิร์ธ) หญิงสาวรู้สึกได้ถึงความเย็นยะเยือกและหันหน้ามาพบสายตาเกรนูอีลเล่ที่กำลังจ้องตรงมาที่เธอ เธอส่งเสียงกรีดร้องเมื่อเกรนูอีลเล่ใช้มือปิดปากเธอไว้ และลากตัวเธอเข้าไปแอบในเงามืดเพื่อหลบเลี่ยงชายหญิงคู่หนึ่งที่เดินผ่านมา จากเงามืดนั้น เกรนูอีลเล่เฝ้ามองชายหญิงคู่นั้นจุมพิตกัน ในขณะที่หญิงขายลูกพลัมพยายามดิ้นรนเพื่อให้มีอากาศหายใจ สุดท้ายเมื่อหนุ่มสาวคู่นั้นเดินลับหายไป เกรนูอีลเล่จึงปล่อยตัวหญิงสาวในอ้อมแขนเขาเพียงเพื่อจะพบว่าเขาได้ฆ่าหญิงสาวคนนั้นเสียแล้ว เขาพยายามสูดดมกลิ่นหอมของเธออย่างสิ้นหวัง พยายามดื่มด่ำและกอบโกยมันด้วยสองมือของเขาราวกับมันคือของเหลว แต่กลิ่นที่ยากจะต้านทานของเธอกลับจางหายไปเมื่อชีวิตสูญหายไปจากร่างกายนั้น และเกรนูอีลเล่รู้สึกท่วมท้นไปด้วยความรู้สึกสูญเสียต่อกลิ่นที่จางหายไป หน้าที่ในชีวิตนี้ของเขาคือการจะต้องได้มาซึ่งกลิ่นหอมนั้นอีกครั้ง…
เกรนูอีลเล่จึงไปฝึกงานบัลดินี่ (ดัสติน ฮอฟฟ์แมน) คนทำน้ำหอมที่ธุรกิจกำลังย่ำแย่ และกำลังเฝ้ามองหากลิ่นหอมที่เป็น เอกลักษณ์ ใหม่ เกรนูอีลเล่แสดงให้เห็นอย่างรวดเร็วถึงพลังของเขาในการสร้างกลิ่นหอมที่สมบูรณ์แบบที่จะกู้ชื่อเสียงของบัลดินี่กลับมา เพื่อแลกเปลี่ยนกัน เกรนูอีลเล่ขอให้บัลดินี่สอนเขาถึงเรื่องหัวใจของการสร้างและรักษากลิ่นหอมนั้นเอาไว้ เมื่อเกรนูอีลเล่ได้เรียนรู้ว่ากลิ่นของมนุษย์ที่มีลมหายใจไม่สามารถกลั่นให้กลายเป็นหัวน้ำหอมได้ เขาแทบสิ้นชีวาวายด้วยความตกใจ บัลดินี่บอกเขาว่าที่เดียวที่ใช้วิธีการอันแสนลึกลับโดยใช้ไขมันดูดซับกลิ่นหอมไว้ได้ก็คือเมืองกลาสซี่ เกรนูอีลเล่จะได้พบความรู้ที่เขาต้องการได้ที่นั่น
เกรนูอีลเล่ออกเดินทางสู่เมืองกลาสซี่ทันที ภายในถ้ำแห่งหนึ่งในมาสซิฟ เซ็นทรัล เกรนูอีลเล่พบว่าเขาไม่มีกลิ่นของตัวเขาเอง ราวกับเขาไม่มีตัวตน ประสบการณ์ครั้งนี้สร้างความปั่นป่วนไปจนถึงกลางใจของเขา เกรนูอีลเล่ตัดสินใจจะสร้างกลิ่นสำหรับตัวเขาเอง โดยจะต้องเป็นกลิ่นที่ใครก็ต้านทานไม่ได้ ระหว่างเดินทางไปยังเมืองกลาสซี่ รถที่ลอร่า (เรเชล เฮิร์ด-วู้ด) บุตรีแสนสวยของพ่อค้ารายหนึ่งผ่านเกรนูอีลเล่ไป เกรนูอีลเล่สูดดมกลิ่นในอากาศ นี่เป็นอีกครั้งที่กลิ่นหอมรัญจวนซึ่งก่อนหน้านี้เคยเกิดขึ้นเพียงครั้งเดียวในชีวิตของเกรนูอีลเล่ ได้บังเกิดขึ้นกับเขาอีกครั้ง มันคือกลิ่นหอมที่เกรนูอีลเล่ต้องครอบครองให้ได้…
เกรนูอีลเล่เข้าไปทำงานเป็นช่างให้กับมาดามอาร์นูลฟี่ (โครินน่า ฮาร์ฟาช) ซึ่งเป็นเจ้าของร้านทำน้ำหอมเล็ก ๆ แห่งหนึ่ง เขาได้เงินเดือนก้อนเล็ก ๆ และที่พักเป็นกระท่อมที่ไร้หน้าต่าง เกรนูอีลเล่มุ่งมั่นที่จะเป็นเจ้าแห่งศิลปะการทำน้ำหอม และจะต้องให้ได้มาซึ่งทุกกลิ่นที่เขาปรารถนา
ในหลายสัปดาห์ต่อมา หญิงสาวสวยหลายคนถูกฆาตกรรม ริชิส (อลัน ริคแมน) พ่อค้าของเมืองเป็นเพียงคนเดียวที่สงสัยว่าเจ้าฆาตกรรายนี้จะต้องเป็นพวกชอบสะสมของสวยงาม ในตอนแรก ฆาตกรลงมือสังหารหญิงสาวชาวบ้าน ตั้งแต่พวกคนเลี้ยงแกะ คนขายมะนาว สาวรีดนมวัว แต่เมื่อลูกสาวฝาแฝดของทัลเลียน เพื่อนของเขา (คาร์ลอส รี๊ก) โดนฆ่าตายและพบเป็นศพร่างกายเปลือยเปล่าพร้อมกับสภาพศีรษะที่โดนโกนผม ริชิสเริ่มหวาดกลัวว่าลอร่า ลูกสาวของเขาจะกลายเป็นเหยื่อ
บัดนี้ หญิงสาว 12 คนถูกพบเป็นศพ เกรนูอีลเล่เปิดตู้ใบเล็ก ๆ ของเขาและมองจ้องดูขวดแก้วเล็ก ๆ 12 ใบ ซึ่งแต่ละใบบรรจุไปด้วยน้ำมันสีอำพันไม่กี่หยด ที่ขาดไปมีเพียงกลิ่นเดียวเท่านั้น และเป็นกลิ่นสุดท้ายที่จะสร้างความสมบูรณ์ให้กับน้ำหอมของเกรนูอีลเล่
ผู้คนรู้สึกเสียขวัญจนเอาไม้ตอกปิดประตูบ้านและปิดตายหน้าต่างทุกบาน ผู้ต้องสงสัยข้อหาฆาตกรรมหญิงสาวเหล่านี้โดนจับตัวได้ แต่ริชิสเชื่อว่าทางการจับคนผิด ภายใต้ความมืดของค่ำคืนนั้น เขาหนีออกจากเมืองไปพร้อมกับลูกสาวและพาเธอไปยังที่ปลอดภัย ณ โรงแรมชายทะเลแห่งหนึ่ง แต่เกรนูอีลเล่ติดตามกลิ่นของลอร่าไปไกลจนถึงเมอดิเตอร์เรเนี่ยน เช้าวันรุ่งขึ้น เมื่อริชิสพบศพลูกสาวของเขานอนเปลือยเปล่าและโดนเชือด เขาถึงกับหมดหวังในชีวิต
เกรนูอีลเล่คุกเข่าอยู่ข้างกองไฟเล็ก ๆ ในป่า ที่ซึ่งเขาจัดอุปกรณ์ทุกอย่างพร้อมแล้ว เขาหยดน้ำมันหยดสุดท้ายใส่ลงไปในขวดเล็ก ๆ และจัดการผสมน้ำมันชนิดสุดท้ายเข้ากับน้ำมันอื่นอีก 12 ขวด เขาทำจมูกสูดดมไปทุกทิศทางขณะเก็บซ่อนขวดน้ำหอมเอาไว้ในกระเป๋า เขาตกอยู่ในวงล้อมของทหารและถูกจับตัวได้ เมื่อกลับไปถึงกลาสซี่ เกรนูอีลเล่ยอมสารภาพความผิดทั้งหมด แต่ยังคงปิดปากเงียบเกี่ยวกับแรงจูงใจของเขา
ฝูงชนกลุ่มใหญ่พากันมุ่งหน้าสู่จตุรัสกลางเมืองกลาสซี่ในวันประหาร แต่เกรนูอีลเล่แอบหยดน้ำหอมของเขาลงที่ข้อมือ ลมได้พัดพากลิ่นหอมนั้นไปยังกลุ่มคนที่มามุงดูเขาในจตุรัส และผู้คนทั้งหมดต่างรวมตัวกันเป็นกลุ่มใหญ่ แม้แต่ริชิสเองก็ยังยกแขนขึ้นโอบกอดร่างของผู้ลงมือสังหารลูกสาวเขา ร้องไห้สะอึกสะอื้นร้องขอให้ยกโทษให้ เกรนูอีลเล่ผู้ไม่เคยได้สัมผัสความรักมาก่อนในชีวิตถึงกับล้มพับลง
เกรนูอีลเล่ยังคงมีน้ำหอมมากพอที่จะทำให้ทั้งโลกต้องมนต์สะกด เขาเดินทางไปยังตลาดปลาในปารีส ที่ที่เขาลืมตาดูโลก เขาพรมน้ำหอมไปทั่วทั้งตัวและปล่อยให้ตัวเองถูกผู้คนที่คิดว่ารักเขากลืนกิน สิ่งที่เหลืออยู่ของเกรนูอีลเล่ก็คือขวดแก้วและน้ำหอมที่ล้ำค่าที่สุดในโลกหยดสุดท้าย
