เรื่องราวในภาคนี้เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก บลู (ให้เสียงโดยเจสซี ไอเซนเบิร์ก) และจูล (ให้เสียงโดยแอนน์ แฮทธาเวย์) ใช้ชีวิตอย่างมีความสุขในรีโอเดจาเนโรกับลูกๆ ของพวกเขา ได้แก่ คาร์ล่า, เบีย และ ติอาโก้ จูลต้องการให้ลูกๆ ได้เรียนรู้และเข้าใจชีวิตในป่าที่เป็นบ้านเกิดของเธอ จึงตัดสินใจพาครอบครัวเดินทางไปยังป่าอเมซอน
เมื่อพวกเขามาถึงป่าอเมซอน บลูพบว่าการปรับตัวกับชีวิตในป่าไม่ใช่เรื่องง่าย เขาต้องพยายามเข้ากับพ่อของจูล เอ็ดเวิร์ด (ให้เสียงโดยแอนดี้ การ์เซีย) ที่ไม่ค่อยชอบบลูและวิถีชีวิตที่เขาเคยมีในเมือง ขณะเดียวกัน พวกเขาก็ได้พบกับเพื่อนเก่าและศัตรูเก่าอย่างไนเจล (ให้เสียงโดยเจอร์เมน คลีเมนท์) นกแก้วศัตรูเก่าที่ต้องการแก้แค้นบลู ไนเจลยังมีเพื่อนร่วมทีมใหม่คือกาบี้ (ให้เสียงโดยคริสติน เชโนเวธ) กบพิษสีชมพูที่หลงรักไนเจล
ในขณะเดียวกัน กลุ่มนักอนุรักษ์พยายามหยุดยั้งการทำลายป่าอเมซอนจากกลุ่มผู้ทำไม้เถื่อน ซึ่งเป็นภัยคุกคามต่อบ้านเกิดของจูลและนกมาคอว์ตัวอื่นๆ
บลูต้องเผชิญหน้ากับความท้าทายและอุปสรรคหลายอย่าง แต่เขาเรียนรู้ถึงความสำคัญของการเป็นผู้นำครอบครัวและความกล้าหาญในการปกป้องสิ่งที่เขารัก ในที่สุด บลูสามารถพิสูจน์ตัวเองและช่วยครอบครัวและเพื่อนๆ จากภัยคุกคามต่างๆ ได้สำเร็จ
หนังจบลงด้วยบลูและจูลที่ได้ใช้ชีวิตอย่างมีความสุขในป่าอเมซอน พร้อมกับการสานต่อเรื่องราวและการผจญภัยครั้งใหม่ในบ้านเกิดที่แท้จริงของพวกเขา
