เรื่องราวเหตุการณ์สองยุคของชายผู้หนึ่งซึ่งพบว่าตนเองอยู่ท่ามกลางการต่อสู้ระหว่างกลุ่มอำนาจสองกลุ่มมาแต่สมัยโบราณ เขาจะยุติความขัดแย้งและไถ่ถอนความผิดของตนได้ด้วยการอาศัยความทรงจำจากบรรพบุรุษซึ่งถูกเก็บไว้ในดีเอ็นเอของเขาเท่านั้น
หลังจากเผชิญเหตุโศกนาฏกรรมในวัยเยาว์ คัลลั่ม ลินช์ (ไมเคิล ฟาสเบนเดอร์) เป็นนักโทษที่กำลังจะรับโทษประหาร แต่แล้วเขากลับได้รับโอกาสให้มีชีวิตต่อไปจากการดำเนินงานอันลึกลับของบริษัทแอบสเตอร์โก อินดัสทรีส์ ด้วยเทคโนโลยีอันล้ำสมัยที่ช่วยปลดล็อคความทรงจำทางพันธุกรรมที่ฝังอยู่ในดีเอ็นเอ คัลลั่ม ได้ถูกส่งย้อนเวลาหลายศตวรรษกลับไปยังสเปนยุคศตวรรษที่ 15 ที่นั่นเขาได้สัมผัสประสบการณ์ของญาติห่าง ๆ อากีลาร์ เด เนร์ฮา สมาชิกสมาคมลับซึ่งเป็นที่รู้จักกันในชื่อ ดิ อัสแซสซินส์ คนกลุ่มนี้ต่อสู้เพื่อปกป้องเสรีภาพจากกลุ่มเทมพลาร์ผู้กระหายอำนาจ ประสบการณ์จากอดีตได้แปรสภาพ คัลลั่ม ทำให้เขาเริ่มมีความรู้และทักษะทางร่างกายที่จำเป็นต่อการโค่นล้มองค์กรเทมพลาร์อันทรงอิทธิพลในโลกยุคปัจจุบัน