ในปี ค.ศ. 1999 เหล่านักวิจัยได้ค้นพบสัตว์ประหลาดยักษ์หรือเทวทูตตนที่ 1 อดัมที่หลับไหลอยู่ในขั้วโลก พร้อมกับหอกโลกินุส นักวิจัยได้ทำการติดตั้งเครื่องยนต์ S2 ลงในตัวอดัม แต่ทว่าเกิดเหตุผิดผลาดขึ้นเครื่องยนต์ S2 ทำงานย้อนกลับทำให้อดัมได้ตื่นขึ้นมาและใช้พลังงานจากเครื่องยนต์ S2 สร้างเซคันด์อิมแพกต์ที่ขั้วโลกใต้ หลังจากนั้นอดัมได้กลับกล่ายเป็นตัวอ่อน การเกิดเซคันด์อิมแพกต์เป็นเหตุให้น้ำแข็งขั้วโลกละลาย ส่งผลให้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้น ซึ่งเป็นเหตุทำให้ประชากรของโลกจำนวนมากต้องล้มตายลงเกือบครึ่งหนึ่งของประชากรทั้งหมด เหล่าผู้นำประเทศระดับสูงจึงได้เริ่มมีการจัดตั้ง สหประชาคมโลกและองค์กรพิทักษ์มนุษยชาติ โดยมีการตั้งเมืองแบบใหม่แทนที่เมืองที่ถูกจมลงในทะเล ที่ชื่อ เนโอโตเกียว แห่งที่ 3 โดยใต้เนโอโตเกียวที่ 3 นั้นมีเทวทูตตนที่ 2 ลิลิธอยู่ เนโอโตเกียวแห่งที่ 3 เป็นเมืองหน้าด่านในการป้องกันโลกจากการจู่โจมของ เทวทูต ด้วยโครงสร้างพิเศษ เพื่อป้องกันการนำ ลิลิธออกมานั่นเอง โดยใช้อาวุธชีวะภาพ Evangelion (โคลนของลิลิธ)
