ก็อตซิลล่าเข้ายึดครองโลกกว่า 20,000 ปีแล้ว กลุ่มผู้ลี้ภัยที่สิ้นหวังจึงพยายามทวงโลกคืน แต่ชายหนุ่มคนหนึ่งต้องการล้างแค้นมากกว่าใครทุกคน เมื่อตัดสินใจเกี่ยวกับสถานการณ์ยุ่งยากไม่ได้ ทีมเจ้าหน้าที่ของยานอะราทรัมจึงตัดสินใจมุ่งหน้ากลับโลก ที่ซึ่งฮารุโอะและเพื่อนร่วมยานได้ค้นพบบางสิ่งที่น่าตกตะลึง