เรื่องราวการปะทะกันระหว่างคู่ต่อสู้แห่งตำนานที่ต่อสู้กันอย่างน่าตื่นเต้นมาย่างยาวนาน โดยมีชะตากรรมของโลกแขวนอยู่บนเส้นขนาน คอง และผู้ดูแลของเขาสัญญากันว่าจะยอมผจญภัยเสี่ยงตายเพื่อหาบ้านที่แท้จริงของเขา โดยมี จีอา (เคย์ลี ฮอตเทิล) สาวน้อยเด็กกำพร้าร่วมทางไปกับพวกเขาจนเกิดความผูกพันอย่างแน่นแฟ้นและไม่เหมือนใคร แต่พวกเขากลับต้องเผชิญหน้ากับ ก็อดซิลล่า ที่กำลังคลุ้มคลั่ง ปล่อยรัศมีการทำลายล้างกระจายไปทั่วโลก การปะทะกันระหว่างสองยักษ์ใหญ่เกิดจากพลังที่มองไม่เห็น ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของปริศนาที่ซ่อนอยู่ในใจกลางของโลก
