แฮร์รี่ พอตเตอร์ ภาค 3 (แดเนียล แรดคลิฟฟ์) กับเพื่อน ๆ รอน วีสลีย์ (รูเพิร์ท กรินท์) และเฮอร์ไมโอนี่ เกรนเจอร์ (เอ็มม่า วัตสัน) กลับมาเรียนในปีสาม ที่โรงเรียนคาถาพ่อมดแม่มดและเวทย์มนตร์ศาสตร์ฮอกวอตส์ ที่ซึ่งเด็กวัยรุ่นทั้งสาม ถูกบังคับให้เผชิญกับความกลัวที่เร้นลับที่สุดของพวกเขา ในขณะที่ต้องรับมือกับนักโทษแหกคุกที่เป็นอันตราย และบรรดาผู้คุมวิญญานที่น่ากลัวพอ ๆ กัน ซึ่งถูกส่งไปที่นั่นเพื่อคุ้มกันพวกเขา…
แฮร์รี่ พอตเตอร์ หนุ่มน้อยวัย 13 ต้องใช้เวลาช่วงปิดภาคฤดูร้อนอย่างไม่เต็มใจอีกครั้งหนึ่งกับครอบครัวเดอร์สลีย์ ญาติที่แสนน่าเบื่อของเขา ด้วยความเหนื่อยหน่ายที่เขาจะต้อง ประพฤติตัวให้ดี และไม่ฝึกฝนการใช้คาถาใด ๆ นั่นก็คือจนกระทั่ง ป้ามาร์จ (แพม เฟอร์ริส) พี่สาวที่ชอบแสดงอำนาจของลุงเวอร์นอนแวะมาเยี่ยม ป้ามาร์จปฏิบัติต่อแฮร์รี่อย่างร้ายกาจมาโดยตลอด และในคราวนี้เธอได้ทำให้เขาคุมตัวเองไม่อยู่ จนกระทั่งทำให้เธอตัวพองเหมือนลูกโป่งและลอยได้ โดยไม่ได้ตั้งใจ ด้วยความกลัวว่าตนเองจะถูกลงโทษจากป้าและลุง (และผลสะท้อนที่จะกลับมาจากฮอกวอตส์ และกระทรวงเวทย์มนตร์ ซึ่งห้ามนักเรียนใช้คาถา ในโลกที่ไม่มีเวทย์มนตร์โดยเด็ดขาด) แฮร์รี่จึงหลบหนีไปสู่ยามรัตติกาล
เขาได้ถูกรับขึ้นรถไปอย่างทันท่วงทีโดย รถเมล์อัศวินราตรี พาหนะมหัศจรรย์สามชั้นสีม่วง ที่โฉบตัวเขาเพื่อพาไปส่งไว้ที่ร้านหม้อใหญ่รั่ว เมื่อไปถึงที่นั่น แฮร์รี่ได้พบกับรัฐมนตรีแห่งกระทรวงเวทย์มนตร์ คอร์นีเลียส ฟัดจ์ (โรเบิร์ต ฮาร์ดี้) ซึ่งไม่มีคำอธิบายได้ ถึงการที่เขาไม่ลงโทษแฮร์รี่ในการเป็นพ่อมดพเนจร และกลับยืนยันให้เขาค้างแรมที่ร้านหม้อใหญ่รั่ว ก่อนที่จะมุ่งหน้ากลับไปฮอกวอตส์
เหตุผลของการที่ฟัดจ์ไม่ได้ไล่แฮร์รี่ออกจากโรงเรียนนั้น สืบเนื่องมาจากการที่ ซิเรียส แบล็ก (แกรี่ โอลด์แมน) พ่อมดอันตรายและลึกลับ ได้หลบหนีจากคุกแห่งอัซคาบัน และเชื่อกันว่ากำลังตามหาตัวแฮร์รี่ (เล่าลือกันมาว่า แบล็กเป็นผู้รับผิดชอบ ในการนำลอร์ดโวลเดอมอร์ไปพบกับพ่อแม่ของแฮร์รี่ และผลที่ตามมาก็คือการตายของพวกเขา และในตอนนี้เขาตั้งใจจะมาฆ่าแฮร์รี่ด้วย) ดังนั้นสถานที่แห่งเดียวที่ปลอดภัยสำหรับเขาก็คือ ฮอกวอตส์
แต่ที่ทำให้ยิ่งแย่ไปกว่าก็คือ ฮอกวอตส์ต้องต้อนรับบรรดาผู้คุมวิญญาณ ผู้ดูแลจากอัซคาบันที่น่าสพรึงกลัว ซึ่งพยายามจะปกป้องแฮร์รี่และโรงเรียนจากแบล็ก โดยพวกมันจะดูดเอาวิญญาณจากเหยื่อ และโชคไม่ดีของแฮร์รี่ เพราะพวกมันดูเหมือนจะถูกดึงดูดเข้าหาเขาอย่างอธิบายไม่ได้ การปรากฎตัวอย่างเป็นลางร้ายของพวกมันนั้น ทำให้พ่อมดหนุ่มน้อยรู้สึกเย็นเยียบไปจนถึงกระดูก และทำให้เขาไร้กำลังได้อย่างสิ้นเชิง จนกระทั่ง ศาสตราจารย์ลูปิน (เดวิด ธิวลิส) อาจารย์ผู้สอนวิชาป้องกันตัวจากศาสตร์มืดคนใหม่ ได้ฝึกให้แฮร์รี่รู้จักวิธีใช้คาถาผู้พิทักษ์ เพื่อปกป้องตัวเองจากอำนาจของผู้คุมวิญญาณ ที่มีผลทำให้ไร้ความรู้สึก
ในขณะเดียวกัน ปีที่สามของแฮร์รี่ในฮอกวอตส์ ก็เต็มไปด้วยตัวละครที่น่าตื่นเต้นอีกหลายตัว อย่างเช่น บัคบีค สัตว์วิเศษครึ่งนกครึ่งม้าที่เรียกว่า ฮิปโปกริฟฟ์; การพบกับลางบอกเหตุแห่งความตายที่น่าขนหัวลุก รู้จักกันในชื่อ กริม และการผจญภัยที่น่าตื่นเต้น รวมทั้งการไปเที่ยวหมู่บ้านพ่อมดฮอกส์มี้ดอย่างไม่เปิดเผย การถอดรหัสที่ซุกซ่อนอยู่ใน แผนที่ตัวกวน และการเดินทางที่น่าสพรึงกลัวสู่ เพิงโหยหวน (สถานที่ซึ่งขึ้นชื่อว่าผีดุที่สุดในประเทศอังกฤษ) ในเวลาเดียวกัน แฮร์รี่ก็ต้องพยายามหาเหตุผลให้ได้ ถึงการปรากฎและหายตัวอย่างเป็นปริศนาของเฮอร์ไมโอนี่ ด้วยความช่วยเหลือของรอนและ แฮกริด (ร็อบบี้ โคลแทรน) ร่างยักษ์ ซึ่งได้เข้ารับตำแหน่งใหม่ในฮอกวอตส์ เป็นอาจารย์สอนวิชาการดูแลสัตว์วิเศษ
การเผชิญหน้าระหว่างแฮร์รี่และนักโทษลึกลับ ซิเรียส แบล็ก เป็นสิ่งที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ ..แต่อะไรคือความสัมพันธ์ที่แท้จริง ระหว่างศาสตราจารย์ลูปินและแบล็ก? ความลับดำมืดอะไรที่ ศาสตราจารย์สเนป (อลัน ริคแมน) อยากจะเปิดเผยเป็นอย่างยิ่ง? และทำไม สแคบเบอร์ หนูที่เป็นสัตว์เลี้ยงของรอนจึงดูตื่นกลัวขนาดหนัก และคอยวิ่งหนีจากการจับต้องตัวของเขา? แฮร์รี่จะต้องใช้ทั้งกำลังใจ เวทย์มนตร์ และแรงสนับสนุน เพื่อที่เขาจะสามารถรวบรวมสิ่งที่จะตอบคำถามเหล่านี้ ที่จะเปิดเผยความจริง ซึ่งอยู่เบื้องหลังซิเรียส แบล็ก และสิ่งที่เชื่อมโยงเขากับอดีตที่แสนลึกลับ ของพ่อมดหนุ่มน้อยผู้มีความสามารถคนนี้
