ปี 2003 Infernal Affairs กลับมาอีกครั้ง กับช่วงเวลาที่หายไปในภาคแรกของ หมิง (หลิวเต๋อหัว) และ หยาน (เหลียงเฉาเหว่ย) Infernal Affairs 2 จะพาผู้ชมย้อนกลับไปในปี 1991 ช่วงเวลาแห่งจุดเปลี่ยนระหว่างธรรมะและอธรรม
ในปี 1991 กวาน ผู้นำแก๊งมาเฟียในฮ่องกงถูกลอบสังหาร ทำให้เกิดการต่อสู้แย่งชิงอำนาจขึ้นในกลุ่ม ครอบครัวของ กวาน ตกเป็นเป้าหมายในการปองร้ายเพื่อโค่นล้มอำนาจ มีเพียง แซม (เจิ้งจือเหว่ย) ลูกน้องผู้ภักดีของกวานเท่านั้น ที่คอยปกป้องพวกเขาอยู่ ขณะเดียวกันกรมตำรวจฮ่องกง ได้มีคำสั่งให้สารวัตร หว่อง (แอนโทนี่ หว่อง หรือ หวงซิวเซิน) และฝ่ายข่าวกรอง ลุก (ฮู จุน) คลี่คลายคดีสังหารหมู่นองเลือดครั้งยิ่งใหญ่ที่เกิดขึ้น โดยมีแก๊งมาเฟียขาใหญ่ของฮ่องกงต้องสงสัยว่าอยู่เบื้องหลัง
ด้วยภาวะแก๊งที่กำลังสั่นคลอน ฮาว (อู๋เจิ้นหวี) บุตรชายนักบัญชีของ กวาน ถูกสถาปนาให้ขึ้นมารับตำแหน่งแทนพ่อ ท่ามกลาง ความขัดแย้งและการไม่ยอมรับของหัวหน้าระดับสูงภายในแก๊ง ฮาว เก็บงำความไม่พอใจผู้ที่ต่อต้านเขาไว้ภายใต้หน้ากากของความเป็นสุภาพบุรุษน้ำใจงาม แต่แท้จริงแล้ว เขาคืออสรพิษที่เหี้ยมโหดที่สุดเกินกว่าที่ใครจะจินตนาการได้
เพื่อจับตาดูการเคลื่อนไหวของ ฮาว ในทุกอิริยาบถ สารวัตร หว่อง ได้ส่งนักเรียนตำรวจระดับหัวกะทิของโรงเรียนที่มีอดีตอันลึกลับจนต้องถูกไล่ออกจากโรงเรียนอย่าง หยาน (ชอว์น หยู หรือ หยูเหวินเล่อ) แทรกซึมเข้าไปเป็นไส้ศึกภายในแก๊ง ซึ่ง หยาน ก็ได้รับความไว้วางใจให้เข้าร่วมแก๊งในทันที เพราะครอบครัวของเขามีสายสัมพันธ์ที่ลึกซึ้งกับแก๊งมาก่อน มีเพียงไม่กี่คนภายในแก๊งที่รู้ว่าฐานะที่แท้จริงของหยาน คือ บุตรชายอีกคนของอดีตหัวหน้าแก๊ง
ในแก๊ง หยาน สนิทกับ เคียง (แชปแมน โท) ลูกน้องหัวแก้วหัวแหวนของ แซม อย่างรวดเร็ว และในเวลาเดียวกับที่ หยาน ถูกส่งเข้ามาในแก๊ง แซมได้ส่ง หมิง (เฉินก๊วนซี) เข้าไปเป็นไส้ศึกในกรมตำรวจด้วยเช่นกัน
3 ปี หลังจากที่ไส้ศึกทั้ง 2 ถูกส่งเข้าไปแทรกซึมในองค์กร หยาน ได้กลายเป็นลูกน้องคนสนิทของ ฮาว ในขณะที่ หมิง ก็กำลังไต่ระดับความสำเร็จในกรมตำรวจ โดยมี แซม คอยให้ความช่วยเหลือเขาอยู่ห่างๆ เมื่อสถานการณ์ในแก๊งเริ่มมั่นคงขึ้น ฮาว เริ่มวางแผนที่จะควบคุมองค์กรไว้เพียงผู้เดียว เขาหวังพึ่ง แซม ในการโค่นล้มสมาชิกคนสำคัญภายในแก๊ง ฮาว ได้ให้คำมั่นต่อ แซม ว่าจะสถาปนาเขาขึ้นมาเป็นหัวหน้าระดับสูงของแก๊ง แต่สุดท้าย ฮาว ได้ตลบหลัง แซม จนเขาต้องหนีไปหลบซ่อนตัวในประเทศไทย
ในระหว่างการหลบหนี หมิง ต้องคอยดูแล แมรี่ (หลิวเจียหลิง) แฟนสาวของแซมที่เคยสร้างอดีตที่ฝังใจให้กับเขา แมรี่ คือตัวแปรที่เก็บซ่อนความลับบางอย่างระหว่าง เธอ หมิง และ สารวัตร หว่อง ซึ่งที่สุดแล้วเมื่อความลับถูกเปิดเผย แมรี่ ต้องสังเวยชะตากรรมนั้นด้วยชีวิตของเธอเอง ที่มาพร้อมการแตกหักของ หยาน และ สารวัตรหว่อง
เป้าหมายรายต่อไปของฆาตกร คือ สารวัตรหว่อง แต่ในการลอบสังหาร ลุก เพื่อนสนิทของเขากลับยอมตายแทน ณ วินาทีนั้น สารวัตรหว่อง ได้สัญญาต่อหน้าศพของ ลุก ว่า จะต้องหาตัวฆาตกรที่อยู่เบื้องหลังทุกสิ่งมาลงโทษให้ได้
ในปี 1997 แซมกลับมาฮ่องกงอย่างเงียบๆ สารวัตรหว่อง ต้องการตัวเขามาเป็นพยานปากเอกเพื่อร่วมมือกันในการตลบหลัง ฮาว โดยมี หมิง และ หยาง เป็นตัวแปรในการหักเหลี่ยมเฉือนคมครั้งใหม่ระหว่าง แซม สารวัตรหว่อง และ ฮาว
