หลังมีการฝ่าฝืนข้อตกลงผู้อำนวยการสำนักข่าวกองกลาง อลัน ฮันลีย์ (อเล็ก บอลด์วิน) มีคำสั่งให้ปิดหน่วย IMF ลง แต่ อีธาน ฮันท์ (ทอม ครูซ) ยังคงทำหน้าที่ของตัวเองต่อไปด้วยการตามล่าองค์กรผู้ร้าย เดอะ ซินดิเคต แต่ก็ถูกจับตัวไปได้ ก่อนเจ้าหน้าที่สาวจากองค์กรศัตรู อิลซ่า ฟอสต์ (รีเบกก้า เฟอร์กูสัน) จะมาเป็นคนช่วยเขาออกมา เมื่อถูกต้อนจนไม่เหลือทางหนี อีธาน พยายามขอความช่วยเหลือจาก วิลเลียม แบรนด์ท (เจเรมี่ เร็นเนอร์) แต่ก็เปล่าประโยชน์ เพราะ วิลเลียม บอกว่า เขาไม่สามารถทำอะไรได้เลยหลังจากหน่วย IMF ถูกปิดตัว อีธาน จำต้องหาทางเอาชีวิตรอดด้วยตัวเอง หลายเดือนต่อจากนั้น อีธาน เรียกตัวเพื่อนซี้ เบนจี้ ดันน์ (ไซมอน เพ็กก์) ให้มาช่วยตามล่านักฆ่าจาก เดอะ ซินดิเคต ที่มีแผนลอบฆ่านายกรัฐมนตรีออสเตรียมในงานแสดงโอเปร่า น่าเศร้า ที่แม้ อีธาน สามารถช่วยนายากรัฐมนตรีออกมาได้ แต่เขาก็ถูกลอบวางระเบิดเสียชีวิตในรถยนต์อีกที ด้าน อีธาน ได้ อิลซ่า มาช่วยชีวิตได้อีกครั้ง จนเขาเริ่มสงสัยแล้วว่า แท้จริงแล้ว อิลซ่า คือใคร? แล้วสุดท้าย ตัวเขาเองจะพิสูจน์ให้ทางการเห็นได้มั้ยว่างองค์กร เดอะ ซินดิเคต นี้มีอยู่จริง?!
