เมื่อลูกเรือของยานเอนเตอร์ไพรส์ได้ถูกส่งตัวกลับมาถึงดาวโลก พวกเขาได้เผชิญกับพลังที่น่าสะพรึงกลัวและยากจะหยุดยั้งที่เกิดขึ้นภายในองค์กรของพวกเขาเอง มันได้ทำลายกองยานรบและทุกสิ่งทุกอย่าง ทำให้โลกเข้าสู่สถานการณ์ที่อันตรายอย่างยิ่ง ด้วยความที่เป็นดาวบ้านเกิดของตัวเอง กัปตันเคิร์ก (คริส ไพน์) จึงรับหน้าที่ในการนำทีมสู่พื้นที่สงครามเพื่อไล่ล่าคนร้ายที่ครอบครองอาวุธมหาประลัย ในขณะที่สงครามการไล่ล่าที่มีเดิมพันเป็นชีวิตและความตายดำเนินไปนั้น ความรักก็ถูกท้าทาย มิตรภาพก็ถูกหั่นสะบั้น และการเสียสละของเหล่าผู้คนที่เปรียบเสมือนครอบครัวที่เหลืออยู่ของ กัปตันเคิร์ก นั่นคือ ลูกเรือของเขา จะต้องเกิดขึ้นอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้
