เรื่องราวของ หน้ากากจอมบัลลังก์ (The Emperor : Owner of the Mask) เกิดขึ้นในสมัยราชวงศ์โชซอน องค์รัชทายาทอีซอน (ยูซึงโฮ) ต้องใช้ชีวิตอยู่โดยการสวมใส่หน้ากากไม่ให้ผู้คนรับรู้ถึงใบหน้าที่แท้จริง เพื่อปกป้องชีวิตของรัชทายาทจาก แทมก (ฮอจุนโฮ) หัวหน้าพรรคพยองซู ซึ่งพยายามกุมอำนาจการปกครอง และยังเป็นผู้ดูแลสัมปทานเรื่องน้ำในโชซอน
อยู่มาวันหนึ่งองค์รัชทายาทอีซอนได้ถอดหน้ากากและออกจากวังหลวงไปอย่างลับ ๆ เพื่อค้นหาเหตุผลที่แท้จริงว่าเหตุใดจึงต้องใส่หน้ากากปิดบังใบหน้าตั้งแต่เกิด โดยพระองค์ต้องการพบอาจารย์ผู้หนึ่งซึ่งเป็นคนเดียวที่รู้เรื่องราวทั้งหมด
ระหว่างนั้น องค์รัชทายาทได้พบกับ ฮันคาอึน (คิมโซฮยอน) บุตรสาวข้าราชการระดับสูง และ อีซอน (คิมมยองซู) ชายหนุ่มผู้มีชื่อเดียวกันกับพระองค์ จึงได้รับรู้ข่าวความทุกข์ของประชาชนที่อยู่นอกวัง ซึ่งเกิดจากการควบคุมการจำหน่ายน้ำของพรรคพยองซู และเพื่อช่วยให้องค์รัชทายาทสามารถออกจากวังได้อย่างอิสระ อีซอนจึงปลอมตัวเป็นองค์รัชทายาทแทน แผนการล่วงรู้ไปถึงพรรคพยองซู ทำให้องค์รัชทายาทตัวจริงถูกไล่ล่า แต่ด้วยความช่วยเหลือจาก ฮวากุน (ยุนโซฮี) หลานสาวของแทมก จึงรอดชีวิตมาได้
